Για τρίτη συνεχόμενη χρονιά διεξήχθη την Δευτέρα 3 Οκτωβρίου 2016, η Πανελλήνια Ημέρα Σχολικού Αθλητισμού. Η ημέρα αυτή καθιερώθηκε να εορτάζεται την πρώτη Δευτέρα του Οκτωβρίου και φέτος είχε ως μότο:
«Νοιώσε τη χαρά της άθλησης χωρίς το άγχος της νίκης και το φόβο της αποτυχίας: Αθλητισμός - Δικαίωμα για όλους».
Στα πλαίσια του εορτασμού της 3ης Πανελλήνιας Ημέρας Σχολικού Αθλητισμού, πραγματοποιήθηκαν διάφορες αθλητικές δραστηριότητες στο Γυμνάσιο-Λύκειο Αλοννήσου, με υπεύθυνο της διοργάνωσης τον καθηγητή Φυσικής Αγωγής του σχολείου κ. Ν. Νιάφα.
Διεξήχθησαν αγώνες στα ομαδικά αθλήματα ποδόσφαιρο και βόλεϊ, στην επιτραπέζια αντισφαίριση (πινγκ-πονγκ), καθώς και στα ατομικά αγωνίσματα στίβου άλμα εις μήκος, άλμα εις ύψος, σφαιροβολία και αγώνες δρόμου 50 και 800 μέτρων.
Η συμμετοχή των μαθητών ήταν μεγάλη, ενώ σημειώθηκαν πολύ καλές επιδόσεις στα αγωνίσματα. Απώτερος στόχος της δράσης ήταν η βελτίωση της φυσικής κατάστασης και η ενίσχυση της ευεξίας, με τη συμμετοχή σε οποιοδήποτε είδος φυσικής δραστηριότητας χωρίς το άγχος της διάκρισης.